Смотри, была подобная ситуация ввыходные. Слил антифриз (промывал радиатор печки). Залил порядка 3 литров а с прокачкой заморачиваться не стал. Завожу обороты поднялись до 3000 хотя обычно 2000. По мере прогрева и долива антифриза обороты начали гулять (как газуешь) от 2000 до 2500. Далее от 1500 до 2000. После того как залил порядка 5 литров и полностью прогрелся мотор все всало на свои места. Больше таких косяков не наблюдал.
У нас в система х.х. находится под заслонкой. Там типа клапана который по мере прогрева перекрывает отверстие для дополнительного воздуха на прогреве + там какойто датчик. Вот видимо происходит "конфлик" между этим устройством и датчиком температуры двигателя, т.к. датчик температуры прогревается быстрее ввиду своего месторасположения.
Попробуй прокачать трубки.